本市は、広大な海に囲まれ、その自然環境は本市の貴重な財産であることから、周辺海域の維持・保全及び利活用は重要な課題であり、石垣市海洋基本計画（平成25年策定）においてもその取組について言及されている。

また、本市はSDGs未来都市に選定されており、持続可能なまちづくりの推進に取り組んでいる。

本事業は、SDGsが掲げるゴール14「海の豊かさを守ろう」の達成に寄与する取組の一環として、また、本市の海洋に関する施策の総合的かつ計画的な推進を図るための基本的な政策をまとめた石垣市海洋基本計画の実行の一環として、石垣市の周辺海域の維持・保全及び利活用のため、水質及び海流等の海洋調査を実施するとともに、周辺海域の漂流ゴミや海岸漂着ゴミの実態を把握すること、また、魚釣島等の自然環境の状況を把握することを目的とする。